Våbenhuset
Kirkens våbenhus virker som entré til selve kirkebygningen. Alligevel lønner det sig at standse op og betragte mindetavlen af træ for eventyrdigteren H.C. Andersen. Tavlen beretter, at Hans Christian Andersen efter hjemmedåb blev fremstillet i kirken 2. påskedag 0805 af forældrene, skomagersvend Hans Christian Andersen og Anne Marie Andersdatter.

På begge sider af indgangsdøren til kirkerummet er rejst to mandshøje gravsten, hvoraf især den højre er nem at læse. Den fortæller den ikke sjældne historie, at arvingerne efter ægteparret Jørgen Schütz og Karen Poulsdatter glemte at lade oplysninger om ægtemandens dødsdag indhugge på den allerede færdige gravsten.

Midterskibet
Efter det snævre våbenhus træder man ind i kirkens indre rum – og hvilket rum! Betaget lader man blikket vandre fremad og opad. På vej op gennem midterskibet har man over sit hoved tre smukt udformede hvælvinger, der med rette har hentet deres navn fra himmelhvælvingen i form af betegnelsen stjernehvælv. De bæres af fire svære, ottekantede piller. I de to sideskibe er hvælvingerne lavere og af den enklere type krydshvælv.

Ud for søjlen nærmest prædikestolen fanges øjet af et indvielseskors forsynet med datoen 22. februar 1880 påmalet ud mod midtergangen. Det er datoen for kirkens genindvielse efter en omfattende restaurering i årene 1878-1880. Fyns daværende biskop C.T. Engelstoft, holdt indvielsestalen for en talrig forsamling, som datidens aviser anslog til omkring 2000 mennesker!

I forbindelse med kirkens restaurering i 1998 er den omtalte pille på sydsiden blevet forsynet med et nyt indvielseskors og påskriften '1. februar 1998'.

Koret
Koret dækkes af tre krydshvælv og ligger to trin højere end gulvet i den øvrige kirkebygning, og det kan ses som tegn på korets særlige funktion under gudstjenesten som især præstens område. Korbuen mellem kor og skib var i katolsk tid grænsen mellem lægfolket og præsterne, markeret ved, at det store korbuekrucifiks var ophængt i korbuen.

Det mandshøje krucifiks på nordvæggen stammer fra 1400-tallet og er skåret af en ukendt kunstner. Et særkende for korset er den tætte, symmetriske dekoration med stiliserede blade, der gror frem af korstræet.

Døbefonten
Undersøgelser har godtgjort, at døbefonten er kirkens ældste inventar, men sikkert velment renovering af fonten i forrige århundrede ændrede det oprindelige, kunsteriske særpræg, så døbefonten i dag kun har en beskeden tovsnoning som udsmykning. Fonten er forsynet med et dåbsfad i plet, som stammer fra restaureringen i 1878-80.

Epitafium i koret
Betegnelsen epitafium anvendes om en mindeplade forsynet med udskæringer, billede og indskrift, normalt anbragt på muren inde i kirken. I Sct. Hans Kirke er der i dag kun bevaret et par stykker.

På korets nordvæg hænger ved siden af det store krucifiks et mægtigt stukepitafium over stiftamtmand Frederik Gedde (1641-1717) udført i 1727 af italieneren Carlo Enrico Brenno. Personens høje status i datiden ses af faderens slægtsvåben – en gedde – og moderens slægtsvåben – et kronet vildsvinehoved (slægtens Buchwalds adelsvåben).

Gedde virkede kun i fire år fra 1713 til sin død i 1717 som stiftamtmand over Fyn med bopæl på slottet ved siden af kirken.

Altertavlen og alterbordet
Straks man træder ind i kirkerummet, bemærker man altertavlens store billedfelt, der viser Jesus i Getsemane, udført 1879 af maleren Carl Block. Tættere på ses det, at det store billede er indsat i en ældre altertavle, som stammer fra 1700-tallets første del. Alle fire evangelister fortæller om Jesus i Getsemane, men Lukas er ene om at fortælle, at >>en engel fra himlen viste sig for ham og styrkede ham<<, mens Jesus svigtet af sine nærmeste afventende sin arrestation.

Indsættelsen af altertavlens store billede i 1879 skete i forbindelse med den omfattende restaurering 1878-80 og som et resultat af en indsamling i menigheden, der ønskede et gammelt nadverbillede erstattet med et maleri af datidens største, danske kunsternavn, Carl Bloch.

Fra den oprindelige altertavle fra 1700-tallets barokperiode er bevaret de mange dekorative elementer ved tavlens sider og i dens topstykke. Således ses Moses med lovens tavler forsynet med romertal samt til højre ypperstepræsten Aron, Moses bror og Israels 12 stammers første ypperstepræst, i fuldt skrud med netop 12 smykkesten anbragt i det store spænde på brystet.

Alterbordet er iklædt et rødt fløjlsklæde, som blev skænket til kirken af Frederik 4. ved opførelsen af slottets hovedfløj ud mod Kongens Have. Fløjlsklædet er udsmykket med kongens spejlmonogram i sølvbroderet relief og årstallet 1719 omgivet af palmegrene.

Kirkesølvet
Det meste af kirkesølvet stammer fra 1600-, 1700- og 1800-tallet, udført af samtidige dygtige sølvsmede og givet som gave til kirken af personer i sognet. Under gudstjenesten står der på alterbordet to sæt alterstager med tændte lys. Ældst er et sæt malmstager fra slutningen af 1500-tallet. De suppleres af et par sølvstager givet i 1721. Ved nadveren benyttes en kalk til vinen og til brødet en disk, som stammer fra 1800-tallets sidste del, hvor kirken virkede som garnisonskirke, hvad der fremgår af inskriptionen. Altersølvet er kostbarheder, som kun står fremme på alterbordet under gudstjenesten.

Prædikestolen
Prædikestolen menes udført af billedskæreren Anders Mortensen, Odense, omkring 1650. Hans figurer står skåret med enkle, markante træk og personerne er iklædt dragter , som var almindelige på Anders Mortensens egen tid.

Prædikestolens seks sider er forsynet med lige så mange udskårne relieffer, der forestiller scener fra Jesu liv: Englen Gabriel bebuder Jesu fødsel for Maria – Hyrderne tilbeder Jesus-barnet – Jesus fremstilles i Templet – De Tre Vise Mænd – Jesus som 12-årig i Templet – Jesus døbes i Jordanfloden.

På trappen op til prædikestolen er panelet forsynet med relieffer af først de fem ukloge brudejomfruer og dernæst de fem vise jomfruer bærende deres olielamper.

Pengeblokken ved kortrappen
Et enestående levn fra kirkens tidligere tid i 1600- og 1700-årene er den knap en meter høje pengeblok ved kortrappens nordside. Den består af et stykke firkantet egetømmer indeholdende tre særskilte møntrum udhulet i egeblokken. Til daglig se kun én møntsprække i den kvadratiske jernplade, som dækker toppen af pengeblokken.

Under jernpladen findes yderligere en jernplade forsynet med hele tre møntsprækker med bogstaverne F, A og K som kendemærke. Herfra kan mønter havne i tre forskellige rum. Bogstavernes betydning er i dag ukendt.

Pengeblokken er forsynet med solide jernbånd, som sammen med tre hængelåse i overstørrelse, kaldet taskelåse, på forhånd vil afskrække de fleste fra forsøg på at bryde den op. Yderligere er blokken boltet fast til væggen.

Den jernklædte pengeblok er for længst afløst af to indsamlingsbøsser af nyere dato nær døren til våbenhuset, men stadig lægges der mønter i den.

Kirkeskibene
Sammenhængen mellem kristentro og skibsafbildning har været kendt siden oldkirken. Traditionen med ophængning af kirkeskibe lader sig ikke datere, og det er endda uvist, om der har været kirkeskibe i katolsk tid.

De fleste kirkeskibe er blevet ophængt for at markere begivenheder i kirken, sognet eller blandt menighedens medlemmer, og dette forhold gælder også kirkens fire skibe.

Kirkeskibe i søndre sideskib
Ud for den sydlige indgangsdør hænger en model af korvetten 'Emanuel' udført i 1877 og givet til kirken ved genindvielsen i 1880.

I samme side nær orglet ses en model af fregatten 'Dannebro' udført og skænket i 1880 ved samme lejlighed som foran nævnt.

Kirkeskibe i nordre sideskib
Ud for den nordlige indgangsdør i sideskibet ses en model fra 1934 af den 5-mastede bark 'København'.

'København' er ophængt i mange kirker, og det skyldes sikkert den katastrofe, det var, da skibet i 1928 gik ned i Sydatlanten med 59 mands besætning heraf 45 unge mænd under uddannelse fra det ganske land.

I sideskibet nær orglet hænger fuldriggeren >>Moses<<, udført og givet til kirken i 1927.

Orgel
Som besøgende i kirken må man nøjes med at iagttage kirkens orgelfacade fra neden af, medens dets musikalske kvaliteter bedst lader sig opleve under gudstjenesten. Siden tidligt i 1500-tallet har der lydt orgelmusik i kirken. Det er dokumenteret i regnskabsbøger fra dronning Christines ophold i Odense.

Det nuværende orgel er bygget af orgelfirmaet Marcussen og Søn, Aabenraa, i 1962. Det har 37 stemmer fordelt på tre manualer og pedal.

Orgelpiberne har meget forskellig størrelse. Således er den mindste pibe kun på 1 cm og frembringer en meget høj tone, mens den dybeste tone frembringes af godt 5 m høj pibe. I alt er der 2.462 piber, og det gør instrumentet velegnet til både gudstjenestebrug og kirkemusikalske arrangementer. I 1998 anskaffedes ligeledes et kororgel.